风和日丽的一天，铃木财团巨资营建的铃木塔举行了盛大的开幕典礼。柯南（高山南 配音）和好朋友们自然受邀参观。谁知一名游客突然被远处建筑发射来的子弹狙击身亡，柯南锁定凶手果断展开追击，然而对方胆大非常，公然炸毁拦截他的警车，在重重包围中脱身而去。在此之后，FBI和日本警方组成联合调查总部，经朱蒂•斯泰琳（一城美由希 配音）介绍得知，嫌疑人很可能是原美国海豹突击队狙击手蒂莫西·亨特。战功显赫的亨特曾经获得过银星勋章，但是后来被战友指控违反交战原则，射杀了手无寸铁的平民，此后他更在战场上遭遇影响毕生的创痛，人生也彻底跌入低谷。此番他以神秘狙击手的出现，显然是想想那些毁灭了他的人生的人们复仇。
　　狙击事件接连而起，全东京陷入莫大的恐慌之中……

宇宙移民与宇宙战争的历史—宇宙世纪终结后，时光飞逝，人们迎来新的历史RegildCentury(R.C.)，并开始了繁荣与和平的生活。RC1014年，耸立大地连接地球和宇宙的轨道天梯CapitalTower(首都塔)，从宇宙中为人类带来作为地球能量之源的PhotonBattery，故被视为是圣地。其守护组织CapitalGuard候补生贝尔利·杰纳姆在初次飞行的时候遭到所属不明MSG-SELF的攻击。贝尔利使用维修检查用MS与其交战并成功捕获。然而贝尔利对G-SELF的驾驶者，名为アイーダ・レイハントン的宇宙海贼少女产生了某种感觉。不满足特定条件便不会启动的G-SELF对贝尔利产生了某种反应。宇宙海贼和アイーダ的目的、被G-SELF选中的贝尔利的命运、令RC全体动摇的真相——这一切只不过是Reconguista的开始。

小学生大雄、静香、小夫和胖虎是四个最亲密的伙伴，说是亲密伙伴，是因为他们四个经常在一起玩，但小夫和胖虎经常欺负大雄。而大雄天生就是被人欺负的对象。大雄家里住着来自未来的机器猫——哆啦A梦，哆啦A梦经常会看到大雄被欺负忍不住拿出一些未来世界的“道具”帮助他，不过大雄大多数都会滥用这些“道具”去作弄人，最后经常导致局面不可收拾，笑料百出！